《史上最恐怖的剧场版》事件发生一年半后。 工藤和市川被吞噬到另一个世界后仍然下落不明。 与此同时，新宿上空突然出现了一只 "巨人"。 经过政府部门的调查，确定没有危险性，人们也就无视这个奇怪的存在，继续过着自己的生活。 与此同时，独自留在这个世界的田代，为了解开 "巨人 "之谜，营救工藤和市川，继续展开调查。 她怀疑在东京各处发现的恐怖人偶与 "巨人 "有关，但一直找不到确切的证据。 这时，"一个男人"出现在田代面前......