幸福の科学出版による長編アニメーション「UFO学園の秘密」の3年後の世界を描いたシリーズ第2作。3年前、悪質レプタリアンによる地球侵略を阻止した「チーム・フューチャー」のレイ、アンナ、タイラ、ハル、エイスケはナスカ学園を卒業し、ナスカ・ユニバーシティに進学。惑星連合からの応援を受けながら、レプタリアンたちと戦う日々を送っていた。そんな中、タイラが3年前の事件の黒幕である邪悪な宇宙人ダハールの罠に落ち、行方不明となってしまう。タイラを探し出すため、レイは3億3000万年前の地球へタイムジャンプを試みる。そこでは新たな文明の創造を計画していた始原の神アルファが、宇宙最強のザムザが率いるレプタリアンを地球に招き入れていた。千眼美子が新キャラとなるザムザ役の声を担当。監督は「カウボーイ・ビバップ」のセットデザインや「ルパン三世　DEAD OR ALIVE」のメカデザインなどで知られ、前作「UFO学園の秘密」も手がけた今掛勇。