那一年的夏天，三位女医成为头条新闻：女医宫本有希（中谷美纪饰）入狱，女医刘玉丽（凉饰）被杀，女医花隈绫乃（大路惠美饰）逃亡。在拘留所，被控为1亿3千万保险金而谋害病人的有希面对辩护律师铃木（伊武雅刀饰）娓娓道出四年间在医院所发生的事。四年前，有希、玉丽和绫乃作为实习医生来到大医院。有希纯洁善良，男友石吹昌志（金子贤饰）是小儿科医生。玉丽是日籍华裔，和弟弟自小受到继父的虐待，所以十分憎恨男人。绫乃出生医生世家，她的姐姐们品学兼优，所以她很自卑。 　　石吹爱上了病儿的单身母亲，向有希提出分手。玉丽的弟弟误入黑社会，黑道老大要挟她为受伤的趁观做手术。绫乃因医疗事故，为了不被开除，只得向院长出卖色相。英俊的须藤医生（细川茂生饰）与同事打赌要将玉丽追到手。虽然须藤真的曾打算与玉丽结婚，但当某社长千金看中他后，他杀害了玉丽。玉丽临死前，对有希做出暗示，终于将须藤绳之以法。绫乃和盲人病患产生了感情，她向他表白自己过去的污点决定放弃医职。有希应癌症晚期病人的恳求为他实施了安乐死，却被病人妻子控告杀人。最终有希在一直怒斥她的权威医生证词下被无罪释放，她和绫乃满怀希望地开始了新的生活。 　　连续剧《女医》描写了三位来自不同背景的年轻女医生从医学院来到大医院，尽管她们纯真善良，但性别歧视、性骚扰、背叛、医疗事故、出卖肉体和黑帮头目……一桩桩始料不及的事件落在她们的头晌。眼泪尚未流出却已干涸在心里，三位女医只能以女性柔弱又坚定的力量抗争着，观众也因此与她们同呼吸共命运。 　　本剧采用了倒叙的手法，先声夺人地以法庭外人们强烈的抗议声拉开帷幕，把观众带进扑朔迷离的案情中。三位女医究竟是‘天使’还是‘魔鬼’？女医们在这四年间的沉浮，通过女主角有希和律师在监狱里的谈话笔录抽丝剥茧地展开，每当叙述到紧要关头却因为采访时间限制而噶然停止，只能留待下回分解，让观众惦念一整周。