物語は西暦２４０９年。外宇宙へと旅立ち消息を絶っていた宇宙船グローバリー３が地球に帰還した事から始まる・・・ 　　２４１２年、この世界での標準的な兵器となっていたバトルアーマーをベースにグローバリー３が不時着した惑星から持ち帰った 　　６つの金属生命体（メタルハート）を核とした命を持つアーマーを作り上げる「Ｚ・Ａ計画」がスタートした。Ｚ・Ａとはゾイドアーマーの事で、 　　完成し無限の力を秘めた成体メカは地球人にとってあまりにも強大すぎた。またゾイドアーマーは制御が難しく、グローバリー３とともに 　　やってきたゾイド人か、ゾイド人と地球人の間に生まれた子、セカンドにしか操れない極めて危険な兵器となった。 　　２４５２年２つの勢力で起きた紛争は大戦へと拡大し両勢力に配備されていたゾイドアーマー同士の戦いに発展、その結果両勢力に 　　甚大な被害が発生し、ゾイドアーマーの想像を絶する破壊力に世界統一政府は直ちにゾイドアーマーの封印を決定した。 　　そして装甲巨神を操れるゾイド人及びセカンドの誕生を恐れた政府は生活制限法を施行、ゾイド人の弾圧が始まる。 　　２６００年。突如として地球に接近した巨大彗星の激突を恐れ荒廃した地球から火星へと移った１部の人類は惑星国家キルナを建国。 　　２９８０年第５６代大統領クレスト・ギスカールはかつて地球人に迫害を受けたゾイド人であった。彼は地球人への復讐の野望と共に 　　キルナを軍事国家へと変貌させてゆく。 　　２９９７年、史上最大の太陽風が発生し火星の大気の４０％が奪われ、皮肉にも彗星激突で汚染されていた地球の大気をも吹き飛ばし、 　　地球の大気は浄化される。 　　そして２９９８年、能力別階級制度をおき、下級国民の不満をムリヤリ押さえつけてきた惑星国家キルナは怒りの矛先をそらすために 　　ついに地球に宣戦布告した。奇襲をもって４８時間以内に地球を制圧するべく攻撃を開始したキルナ軍の指揮官ゼルダン将軍には 　　もう一つの目的があった、いにしえの伝説となったゾイドアーマー、装甲巨神を復活させることだ。地球上のどこかに分散して封印されて 　　いる装甲巨神の調査発掘が進軍と共に密かに行われ、調査隊はついに装甲巨神マリンカイザーを発掘する。だがマリンカイザーの覚醒 　　によりもう１体の巨神Ｚナイトも覚醒、地球人の手により暴走したマリンカイザーを止めるべくセカンドである地球側の反攻勢力の若きパイ 　　ロット、ベル・ランス中尉は復活したＺナイトに乗り込みマリンカイザーに対決を挑む。 　　今５００年の沈黙を破り装甲巨神同士の壮絶な戦いが始まる。