第3話 衝撃・コスモリバースの遺産 　　バレルと密談した古代は、テレザート星と女神テレサの神話を聞かされ、ヤマト乗組員がテレザートに行かなければならないと告げられる。さらに、コスモリバースシステムの副作用によって地球に生じた、時間の流れが異なる空間「時間断層」の存在と、それを利用した地球の軍備拡張、および地球とガミラスの同盟の裏事情を知る。テレザートへの調査航海を上層部に打診するも却下された古代は、仲間と共にヤマトの無断発進を決意する。しかし、雪を巻き込みたくない古代は、彼女に地球に残ってほしいと告げ、幻の件も含めて苦悩していた雪は反発し、婚約指輪を残して去ってしまう。その頃、太陽系辺境の第十一番惑星では、ガトランティス艦隊が襲撃してきていた。 　　第4話 未知への発進！第4話 　　旧ヤマト乗組員が集結し、古代を艦長代理としてヤマトの発進準備を進める。軍長官の藤堂平九郎の説得を受けるが、決意を固めるヤマト乗組員は誰一人として応じず、準備が整えられていく。妨害してくる武装兵との交戦の中で山崎奨ら4名の残留者を出すことになるも、ヤマトは無事に地球からの発進に成功する。 　　第5話 激突！ヤマト対アンドロメダ 　　小惑星帯までたどり着いたヤマトへ、元ヤマト航空隊員が合流するが、それと共にキーマンがアドバイザーとして乗艦してくる。その直後、軍の命令を受けたアンドロメダがヤマトの航海を阻止するために接近。アンドロメダ艦長の山南修の説得を拒否したヤマトは、アンドロメダとの一騎討ちに挑み強行突破する。その後、バレルと地球連邦大統領の交渉により、ヤマトの反乱容疑は晴らされ、正式にテレザート星への派遣任務を受ける。 　　第6話 死闘・第十一番惑星 　　第十一番惑星でガトランティスとの交戦を続ける空間騎兵隊は、隊員の1人である永倉志織を救援要請のために脱出させる。救助した永倉からガトランティス艦隊の襲撃を知ったヤマトは、テレザートへの航海を優先するよう軍上層部に指示されるも、救援を決意して第十一番惑星に向かう。避難民を収容して脱出を図るヤマトだったが、ワープアウトしてきたカラクルム級の雷撃旋回砲の巨大なビームが惑星の地表を薙ぎ払い、ヤマトはその閃光の中に消え、消息不明となる。