バーチャルシステムの開発者、渡会博士の研究室に突如、ＨＡＲＵと名乗る女が現れる。 ＨＡＲＵは、博士に開発中のデュエルマシーンを破壊してくれというのだが、博士が断ると、ＨＡＲＵは、自分の腕につけているまだ完成していないはずのデュエルマシーンを見せるのだった。ＨＡＲＵは、未来からデュエルマシーンの開発を止めるためにやってきた使者だったのだ。そこに、現れる虎王会の皇力と名乗る男。ＨＡＲＵと皇力とのバーチャルバトルが始まった。目の前で完成されたデュエルマシーンを使っている光景を見て、博士は信じがたい事実を受け入れていた。戦いのあと、デュエルマシーンが未来で悪用されている事を聞く博士とその助手のＳＯＬＡ。３人は、地下の研究室で開発中のデュエルマシーンを破壊する。が、未来が変われば消えるはずのＨＡＲＵが消えない。元のデータを消去しないと未来が変わらないのだ。データを廻って虎王会とＨＡＲＵたちのバーチャルバトルが繰り広げられる。戦いの中で明らかになるＨＡＲＵとＳＯＲＡとの関係。はたしてＨＡＲＵは、未来を変えられるのだろうか・・・