米ソの相次ぐ水爆実験に日本全国がノイローゼの絶頂に達した頃、ニューヨーク、ロンドンそして香港の各都市から、これまで幻覚と片附けられていた空飛ぶ円盤による被害が入電。大東京新報社の編集局は色めき立つ。その翌日、大阪に飛来との支社の急報後間もなく、東京上空にも出現。防衛庁では、強力な破壊光線を武器とする円盤の防衛措置に、原子核研究の大槻博士、科研の黒井博士の意見を聴取する。新報の記者林正夫は、恋人薫が秘書を勤める大槻博土を訪れ、円盤の正体を尋ねるが、怪光線に耐え得る特殊金属は完成寸前であると言う。翌未明、赤坂の国民テレビ塔の尖端に円盤が出現。自衛隊機械化部隊の急行。円盤からは怪ロボットも姿を見せ、怪光線でジェット機編隊も瞬間に消失し、都の中枢機関は次々に破壊される。だが科学陣はロボットが発する通信の解読に成功。内容は、戦時中軍に非協力のため拷問で半身不随になった宇宙科学の権威、保科老博士宛て“ロケットを引渡さずば地球を滅亡さす”とある。円盤は、伊豆西海岸にある博士のＲ一号ロケット地下格納庫へ海中から接近。誘導小型ロケット弾の発射も円盤には効果がなく、そのまま飛び去る。薫は夜の海辺で林と寄り添う処を海底から出現したロボットに襲われ瀕死の状態。円盤の反撃に地上は地獄図絵と化すがＲ一号ロケットは遂に人類救済のため発進。だが老博士は、研究室に闖入したロボットの一撃で失神する。円盤は遁走せんとする処を、Ｒ一号のＸＱ陽子破壊砲の発射で、一大閃光と共に消え去った。