時は戦国、織田信長は天下統一を着々と進めていた。しかし、それを阻まんとしている諸大名もまだまだ多数いた頃、南蛮貿易で富を誇る栄の町に「金目教」という謎の集団が出現した。 　　甲賀幻妖斎を首領とする金目教は、目的の為には手段を選ばぬ残酷な集団で一大勢力になりつつあった。 　　幻妖斎を支える部下は数知れずみな独特の術の使い手であった。栄の町は会合衆と呼ばれる人々で治められていたのであるが、会合衆は、金目教拡大を重く見て、飛騨の「忍者の里」にいる影一族に金目教の首謀者を捕らえるように依頼した。 　　この任務を任されたのが、飛騨忍者の「三つの影」青年忍者赤影、少年忍者青影、ベテラン忍者白影である。