「地球征服を企む秘密結社アンゴリアン対策チームとして、生まれつき特殊能力を備えた新人類と呼ばれる人間を集め特殊部隊を編制する、それがフューチャーマンだ。彼らはフューチャースーツを身にまとい、地球の平和の為にアンゴリアンと戦っていた。新人類の美女、ジーンは新人類差別が横行する街から逃げ出そうと旅を続けていた。そんなある日、アンゴリアンに襲われている少年を発見し助ける事に。しかし少年を人質に取られたジーンはアンゴリアンの戦闘員の袋叩きにあってしまう。絶体絶命のジーンを突然現われたフューチャーマンが救出し、さん太と名乗る少年と共に仲間になるようスカウトするヒューチャーマンだったが、ジーンは旅立つ事に。しかしその後、さん太とフューチャーマンはアンゴリアンに捕獲されてしまう。ジーンは二人を助けるためにフューチャースーツを身にまといアンゴリアンのアジトに向かうのだった…