高殿円の小説「メサイア　警備局特別公安五係」を原案に、CDドラマや2013年に製作・公開された映画「メサイア　漆黒ノ章」、それに続く舞台、テレビドラマなど、様々なメディアで人気を博している「メサイア・プロジェクト」の新たな劇場版。軍縮や大量殺戮兵器の開発禁止が進んだかわりに、水面下での情報戦が激化した世界。日本政府はスパイ育成機関「チャーチ」で通称「サクラ」と呼ばれるスパイたちを育成していた。任務に失敗したサクラは助けることも許されなかったが、唯一、チャーチの卒業試験で組んだパートナー＝「メサイア」だけは、任務に失敗したサクラを救うことが許されていた。キャストには、ミュージカル「テニスの王子様」2ndシーズンや映画「カニを喰べる。」などに出演した赤澤燈ほか、モデルや舞台俳優として活躍する若手俳優がそろう。