魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。 　　魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、通称“魔法科高校”に二人の兄妹が入学した。 　　一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。 　　もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹・深雪。 　　時に恋人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、ほんの数年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。 　　その関係が変わった背景には、ある出来事があった。 　　三年前の沖縄。 　　深雪にとって忘れられない出来事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。 　　シリーズ累計2000万部を突破したスクールマギクスの始まりの物語《追憶編》が幕を開ける。