17年前，一名少女从外太空而来，手上拿著传动指挥器，并晕到在海滩上。同时， 机兽帝国加鲁法亦从宇宙飞来，威胁地球的安全。17年後的一日，刚搬来星见町的小五学生草剃　北斗偶然下认识了熟练功夫的出云　银河， 碰巧有一大群加鲁法机械兽，从月球的螺旋城飞来。两人在逃亡中，突然遇到秘密组织GEAR的传动战士电童， 电童与他们产生了感应，并拣选了他们成为驾驶员，在原先的驾驶员维嘉指导下， 他们成功战胜了加鲁法机械兽，从此亦兼负上守护地球的责任。 　　另一部由加鲁法本星直接侵袭地球的黑色传动战士凰牙突然来袭，由阿鲁提亚驾驶著， 要储存数据武器，很好维嘉及时阻止，但凰牙将电童带上月球螺旋城。银河和北斗好不容易才脱险， 在维嘉协助下取回电童，幸好数据武器独角金钻兽出现，北斗储存了它，并安装于电童上，成功打败凰牙。 　　从美国而来的女子艾利丝，转校到两人的学校，同时银河亦取得环型狮子，回到GEAR总部时， 知道艾利丝是大学毕业，负责分析数据武器的研究人员。艾利丝不慎弄失了两只武器，使电童陷入险境， 幸好终於想出办法，引出所有数据武器，北斗、银河和阿鲁提亚，都分别储存了它们。阿鲁提亚知道电童最大的弱点， 就是使用完终极攻击後，会消耗所有电力，并将电童击败。幸好GEAR发明了替电童更换电池的电池战士， 由吉良国进驾驶，能够在作战中更换电童的电池，使电童战胜了凰牙。 　　六件数据武器一旦与拥有它们的人建立了契约，就不会被其他人抢走，但是数据武器会选择合适的人。 北斗的独角金钻兽需要的是「信赖」、闪光火龙需要的是「爱」，银河的环型狮子需要的是「勇气」、 机枪野猪需要的是「创造」，而落入阿鲁提亚的音速鞭蛇需要的是「自信」、狂暴公牛需要的是「智慧」。 　　加鲁法王的宠物拉可来袭地球，并令独角金钻兽和环型狮子中了病毒，为了解毒，银河和北斗上了月球寻找拉可， 可是仍然来不及，正当两只数据武器消失之际，突然来了一鼓新的力量，独角金钻兽和环型狮子合体成为超兽王辉刃， 并将拉可消灭。 　　阿鲁提亚驾驶的骑士凰牙再度来袭，并捉走了自己的妹妹维嘉，维嘉亦知道阿鲁提亚被消去了记忆。这时北斗也知道自己的母亲草剃织绘， 就是GEAR副司令维嘉。阿鲁提亚知道了这一点，使北斗和银河失去斗志，并解除与数据武器的契约，令所有数据武器都落在阿鲁提亚手上。 阿鲁提亚在古尔梅的攻击下回复记忆，协助电童战斗，战胜了古尔梅。螺旋城亦撞向地球，要把地球毁灭， 北斗和银河分别驾驶凰牙和电童阻止，并粉碎了螺旋城。 　　加鲁法王的「儿子」スバル来到地球，派出机械战士，并分开电童和凰牙，机械战士被消灭後， 北斗及凰牙却被スバル捉去。スバル为北斗洗脑，令他驾驶著凰牙对付电童，就像以前的阿鲁提亚。 银河知道只有他才能令北斗正常，决心打赢他，北斗亦在战斗中回复记忆。 　　スバル的手下谢罗派出两只机械兽对付凰牙，这时ZERO令スバル的机械兽爆炸，想炸死スバル和北斗， 幸好银河的电童及时救了他们。其後スバル知道自己一直都被利用，於是决定协助北斗他们，对付加鲁法。 加鲁法要消灭地球，众人主动上宇宙，与加鲁法展开最後一战。